Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser, windowsbasierter Server (Mindestanforderungen: 2 CPUs, 4 GB RAM, 100 GB Speicherplatz)

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://demo.bexis2.uni-jena.de (Demonstrator)
https://train.bexis2.uni-jena.de (Trainingsumgebung)

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung für die Datenverwaltung mittlerer bis großer Forschungsprojekte mit mehreren Teilprojekten und bis zu Hunderten von Nutzenden/Forschenden. Historisch gesehen lag der Schwerpunkt in der Software-Entwicklung auf ökologischen Daten, das System unterstützt aber auch Daten aus anderen Bereichen (z.B. Biodiversitätsdaten, Umweltdaten uns sogar geisteswissenschaftliche Daten). Ein Datenobjekt (Datensatz) in BEXIS2 besteht aus zwei Teilen: (1) Metadaten und (2) Primärdaten. So können neben den Beobachtungsdaten auch Termine/Konferenzen, Publikationen oder beliebige andere Daten in BEXIS2 verwaltet werden. Darüber hinaus müssen Nutzende sich nicht an eine bestehende oder standardisierte Metadatenstruktur halten, sondern können eine eigene oder sogar mehrere hinzufügen.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://bexis2.uni-jena.de

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung zur Datenverwaltung für mittlere bis große Forschungsprojekte. Sie unterstützt ökologische, Biodiversitäts-, Umwelt- und geisteswissenschaftliche Daten. Neben verschiedenen Schulungsmaßnahmen kann BEXIS2 kostenlos auszuprobiert werden. Ein permanenter Demonstrator ermöglicht den Zugang ohne Registrierung und wird regelmäßig auf den neuesten Stand gebracht. Das System dient dem Lernen und Testen. Die dauerhafte Speicherung von Daten ist aufgrund regelmäßiger Zurücksetzung der (Test-)Daten nicht möglich.

Provider
Gesellschaft für wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH Göttingen (GWDG), Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns/SNSB-IT-Zentrum, Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
/

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
https://dwb.gfbio.org/

Support
Helpdesk

Die virtuellen Trainingsumgebungen der Diversity Workbench (DWB) an der GWDG bieten kostenlosen Remote-Zugriff auf DWB-Clients und SQL-Datenbank-Software. Der Zugang wird über eine NFDI-Authentifizierung mit DWB-Autorisierung der einzelnen Anwender organisiert. Die Instanzen enthalten Testdaten aus Forschungsprojekten und bieten Zugriff auf Terminologien und Taxonomien. Ein Datenaustausch mit externen Ressourcen ist möglich. Die Parent-Instanz an den SNSB und die Child-Instanzen an der GWDG werden regelmäßig technisch aktualisiert (SaaS).

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine; für persönlichen Support wird ein Account benötigt

Anwendungsbereich
Planen

Link
https://dmp.gfbio.org

Support
Helpdesk

Der GFBio-Data-Management-Plan-Service besteht aus einer Selbstbedienungsfunktion und optionaler individueller Unterstützung bei der Erstellung von Datenmanagementplänen (DMPs) für biodiversitätsbezogene Projekte. Das Tool ist nach den Kategorien (1) Allgemeine Projektinformationen, (2) Datenerhebung, (3) Dokumentation und Metadaten, (4) Ethik und Rechtskonformität und (5) Bewahrung und Weitergabe strukturiert. Auf der Grundlage der Eingaben wird mit persönlicher Unterstützung unserer DMP-Beauftragten ein Datenmanagementplan entwickelt.

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
www.gfbio.org

Support
Helpdesk

Das GFBio-Portal ist die zentrale Anlaufstelle für Daten und assoziierte Dienste entlang des Datenlebenszyklus, die die Gesellschaft für Biologische Daten in Bremen bereit stellt. Forschende finden dort Zugang zu den Daten von zehn einschlägigen Datenzentren sowie erprobte Dienste und Beratung für Datenmanagementpläne, Datenanalysen, -publikationen und -archivierung. Das GFBio Wiki und verschiedene Selbstlernmaterialien aus den GFBio Roadshows vermitteln Wissen rund um das Thema biologische, ökologische und umweltbezogene Daten.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser, windowsbasierter Server (Mindestanforderungen: 2 CPUs, 4 GB RAM, 100 GB Speicherplatz)

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://demo.bexis2.uni-jena.de (Demonstrator)
https://train.bexis2.uni-jena.de (Trainingsumgebung)

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung für die Datenverwaltung mittlerer bis großer Forschungsprojekte mit mehreren Teilprojekten und bis zu Hunderten von Nutzenden/Forschenden. Historisch gesehen lag der Schwerpunkt in der Software-Entwicklung auf ökologischen Daten, das System unterstützt aber auch Daten aus anderen Bereichen (z.B. Biodiversitätsdaten, Umweltdaten uns sogar geisteswissenschaftliche Daten). Ein Datenobjekt (Datensatz) in BEXIS2 besteht aus zwei Teilen: (1) Metadaten und (2) Primärdaten. So können neben den Beobachtungsdaten auch Termine/Konferenzen, Publikationen oder beliebige andere Daten in BEXIS2 verwaltet werden. Darüber hinaus müssen Nutzende sich nicht an eine bestehende oder standardisierte Metadatenstruktur halten, sondern können eine eigene oder sogar mehrere hinzufügen.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://bexis2.uni-jena.de

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung zur Datenverwaltung für mittlere bis große Forschungsprojekte. Sie unterstützt ökologische, Biodiversitäts-, Umwelt- und geisteswissenschaftliche Daten. Neben verschiedenen Schulungsmaßnahmen kann BEXIS2 kostenlos auszuprobiert werden. Ein permanenter Demonstrator ermöglicht den Zugang ohne Registrierung und wird regelmäßig auf den neuesten Stand gebracht. Das System dient dem Lernen und Testen. Die dauerhafte Speicherung von Daten ist aufgrund regelmäßiger Zurücksetzung der (Test-)Daten nicht möglich.

Provider
Freie Universität Berlin, Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Server mit laufender Python- und Webserver-Software, primäre Biodiversitätsdaten (Beobachtungen, Exemplare) in relationaler Datenbank oder Excel/CSV-Dateien

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren

Link
www.biocase.org/provider_software

Support
Helpdesk

Die BioCASe (Biological Collections Access Service) Provider Software ist eine Middleware zur Bereitstellung von Daten aus einer relationalen Datenbank für Informationsnetzwerke nach den FAIR-Prinzipien. Nach der Installation von BioCASe und der Konfiguration für eine bestimmte Datenbank sind die veröffentlichten Informationen als BioCASe-Webservice zugänglich. Obwohl BioCASe für jedes konzeptionelle XML-Datenschema verwendet werden kann, ist der Hauptanwendungsbereich die Veröffentlichung von Vorkommensdaten aus Proben- oder Beobachtungsdatenbanken für primäre Biodiversitätsdatennetzwerke wie das Global Genome Biodiversity Network oder die Global Biodiversity Information Facility unter Verwendung des ABCD-Datenstandards und seiner Erweiterungen.

Provider
Institut für Angewandte Informatik (InfAI) e.V.

Voraussetzungen
Web Browser, User Account for API

Anwendungsbereich
Harmonisieren

Link
https://biodivportal.gfbio.org

Support
Helpdesk

Das BiodivPortal ist ein Terminologiedienst, der die Verwaltung und Zugänglichkeit von Terminologien im Bereich der Biodiversität erleichtert. Es bietet eine Reihe von Funktionen, darunter das Durchsuchen von Terminologien, die Suche nach Begriffen, Textannotationen und Mappings zwischen Terminologien. Nutzende können Terminologien durchsuchen, nutzen und zu ihnen beitragen sowie nach standardisierten Begriffen und Vokabularen suchen, um ihre Daten zu annotieren. Darüber hinaus können andere Dienste, wie z. B. die GFBio-Portalsuche, über die API auf BiodivPortal zugreifen.

Provider
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung - UFZ

Voraussetzungen
Webbrowser, Mobiles Endgerät (IOS, Android)

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link

BioMe Projektwebseite
Tagfalter-Monitoring Deutschland (Webapplikation basierend auf BioMe, auch als App für IOS/ Android) verfügbar)
FLOW-Webapplikation (basierend auf BioME)

Support
Helpdesk

BioMe ist ein Open-Source Projekt zur Bereitstellung eines universellen, modularen Anwendungsframeworks und einer Infrastruktur, die als „Toolkit“ für Biodiversitätsprojekte dient. Ziel ist es, die Bereitstellung einer flexiblen und skalierbaren Plattform zu ermöglichen, die spezifisch auf die Anforderungen von Biodiversitätsforschung und -monitoring ausgerichtet ist. Der Fokus liegt hier auf Datenintegration und -synthese: Es bietet Werkzeuge zur Erfassung, Integration und Zusammenführung von Biodiversitätsdaten. Die Kernkomponenten sind dabei eine WebApp und Mobile App, Datenbankinfrastruktur, Objektspeicher sowie eine IDP (Identity Provider)-Lösung.

Provider
Alfred-Wegener-Institut - AWI
Helmholtz-Institut für Funktionelle Marine Biodiversität - HIFMB

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://critterbase.awi.de/

Support
Helpdesk

CRITTERBASE ist ein kontinuierlich wachsendes Datenlager, das es Meeresökolog:innen weltweit ermöglicht, mit sofort verfügbaren, hochwertigen und hochauflösenden Daten zu arbeiten. Es stellt Entscheidungsträger:innen und der interessierten Öffentlichkeit Informationen über marine Lebensgemeinschaften und Biodiversität zur Verfügung. Darüber hinaus wird es dazu beitragen, unser Datenerbe zu bewahren, damit es auch künftigen Generationen zur Verfügung steht.

Provider
Freie Universität Berlin, Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://transformation.gfbio.org

Support
Helpdesk

Der Data Transformation Service ist ein webbasierter Dienst zur Umwandlung biodiversitätsbezogener Daten zwischen verschiedenen Community-Formaten wie z. B. ABCD (Access to Biological Collections Data), CDM Light (Common Data Model) und PANGAEA PanSimple. Derzeit wird eine Transformation von ABCD in die Formate PANGAEA PanSimple, HTML Landing Page und DarwinCore Archiv unterstützt sowie von CDM Light in PANGAEA PanSimple.

Provider
Gesellschaft für wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH Göttingen (GWDG), Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns/SNSB-IT-Zentrum, Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
https://dwb.gfbio.org/

Support
Helpdesk

Die virtuellen Trainingsumgebungen der Diversity Workbench (DWB) an der GWDG bieten kostenlosen Remote-Zugriff auf DWB-Clients und SQL-Datenbank-Software. Der Zugang wird über eine NFDI-Authentifizierung mit DWB-Autorisierung der einzelnen Anwender organisiert. Die Instanzen enthalten Testdaten aus Forschungsprojekten und bieten Zugriff auf Terminologien und Taxonomien. Ein Datenaustausch mit externen Ressourcen ist möglich. Die Parent-Instanz an den SNSB und die Child-Instanzen an der GWDG werden regelmäßig technisch aktualisiert (SaaS).

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren

Link
https://submissions.gfbio.org

Support
Helpdesk

Der GFBio Data Submission Service ermöglicht die Einreichung von (heterogenen) biologischen, ökologischen und umweltbezogenen Datensätzen für die Archivierung in einem föderierten Netzwerk von Datenzentren. Die Datensätze werden von Fachexperten des jeweiligen GFBio-Datenzentrums geprüft und kuratiert. Die kuratierten Datensätze werden dann langfristig archiviert und mit einem persistenten Identifier veröffentlicht (z.B. DOI, Accession numbers). Heterogene Daten können in zwei oder mehr Datenzentren archiviert und veröffentlicht werden und sind dann über ihre persistenten Identifier miteinander verknüpft.

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
None

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
www.gfbio.org

Support
Helpdesk

Das GFBio-Portal ist die zentrale Anlaufstelle für Daten und assoziierte Dienste entlang des Datenlebenszyklus, die die Gesellschaft für Biologische Daten in Bremen bereit stellt. Forschende finden dort Zugang zu den Daten von zehn einschlägigen Datenzentren sowie erprobte Dienste und Beratung für Datenmanagementpläne, Datenanalysen, -publikationen und -archivierung. Das GFBio Wiki und verschiedene Selbstlernmaterialien aus den GFBio Roadshows vermitteln Wissen rund um das Thema biologische, ökologische und umweltbezogene Daten.

Provider
Deutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung (iDiv)
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Webbrowser; für Downloads wird ein GBIF-Account benötigt

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://land.gbif.de/

Support
Helpdesk

Der Lebendige Atlas der Natur Deutschlands (LAND) ist ein nationales Biodiversitätsportal, das Daten zum Vorkommen von Arten in Deutschland für Forschende, Naturschutzbehörden und die breite Öffentlichkeit bereitstellt. Das Portal wird von der Global Biodiversity Information Facility (GBIF) gehostet und integriert Vorkommensdaten aus verschiedenen offenen Quellen, darunter Monitoring-Programme, Citizen Science, Naturkundegesellschaften, Museen und Universitäten. Die Datensätze werden kontinuierlich in Kooperation mit der Community verbessert.

Provider
Heidelberg Institute for Theoretical Studies gGmbH - HITS

Voraussetzungen
/

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Entdecken & Erkunden

Link
https://rightfield.org.uk

Support
Helpdesk

RightField ist ein Tool, das es ermöglicht, Tabellendaten direkt in Microsoft Excel mit standardisierten Ontologiebegriffen zu annotieren. Es erleichtert zudem das Hinzufügen strukturierter Metadaten, um die Dateninteroperabilität zu verbessern. Durch das Einbetten von Ontologiebegriffen in Tabellenzellen wird sichergestellt, dass Datensätze eine konsistente Terminologie in verschiedenen Forschungsbereichen einhalten. Die Integration von Open-Access-Ontologien gewährleistet zusätzlich Datenqualität und -einheitlichkeit.

Provider
Justus-Liebig-Universität Gießen — JLU

Voraussetzungen
Webbrowser; Life-Science- oder GFBio-Nutzerkonto

Anwendungsbereich
Verwenden & Archivieren

Link
https://aruna-engine.org

Support
Helpdesk

Aruna ermöglicht die nahtlose Datenorchestrierung über mehrere Standorte, unterstützt Metadatenanreicherung, FAIR-Prinzipien und S3-kompatibles Teilen. Sie erlaubt eine einfache Integration bestehender Speicher und sorgt für eine sichere, verschlüsselte Datenverwaltung für sensible Informationen.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser, windowsbasierter Server (Mindestanforderungen: 2 CPUs, 4 GB RAM, 100 GB Speicherplatz)

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://demo.bexis2.uni-jena.de (Demonstrator)
https://train.bexis2.uni-jena.de (Trainingsumgebung)

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung für die Datenverwaltung mittlerer bis großer Forschungsprojekte mit mehreren Teilprojekten und bis zu Hunderten von Nutzenden/Forschenden. Historisch gesehen lag der Schwerpunkt in der Software-Entwicklung auf ökologischen Daten, das System unterstützt aber auch Daten aus anderen Bereichen (z.B. Biodiversitätsdaten, Umweltdaten uns sogar geisteswissenschaftliche Daten). Ein Datenobjekt (Datensatz) in BEXIS2 besteht aus zwei Teilen: (1) Metadaten und (2) Primärdaten. So können neben den Beobachtungsdaten auch Termine/Konferenzen, Publikationen oder beliebige andere Daten in BEXIS2 verwaltet werden. Darüber hinaus müssen Nutzende sich nicht an eine bestehende oder standardisierte Metadatenstruktur halten, sondern können eine eigene oder sogar mehrere hinzufügen.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://bexis2.uni-jena.de

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung zur Datenverwaltung für mittlere bis große Forschungsprojekte. Sie unterstützt ökologische, Biodiversitäts-, Umwelt- und geisteswissenschaftliche Daten. Neben verschiedenen Schulungsmaßnahmen kann BEXIS2 kostenlos auszuprobiert werden. Ein permanenter Demonstrator ermöglicht den Zugang ohne Registrierung und wird regelmäßig auf den neuesten Stand gebracht. Das System dient dem Lernen und Testen. Die dauerhafte Speicherung von Daten ist aufgrund regelmäßiger Zurücksetzung der (Test-)Daten nicht möglich.

Provider
Freie Universität Berlin, Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Server mit laufender Python- und Webserver-Software, primäre Biodiversitätsdaten (Beobachtungen, Exemplare) in relationaler Datenbank oder Excel/CSV-Dateien

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren

Link
www.biocase.org/provider_software

Support
Helpdesk

Die BioCASe (Biological Collections Access Service) Provider Software ist eine Middleware zur Bereitstellung von Daten aus einer relationalen Datenbank für Informationsnetzwerke nach den FAIR-Prinzipien. Nach der Installation von BioCASe und der Konfiguration für eine bestimmte Datenbank sind die veröffentlichten Informationen als BioCASe-Webservice zugänglich. Obwohl BioCASe für jedes konzeptionelle XML-Datenschema verwendet werden kann, ist der Hauptanwendungsbereich die Veröffentlichung von Vorkommensdaten aus Proben- oder Beobachtungsdatenbanken für primäre Biodiversitätsdatennetzwerke wie das Global Genome Biodiversity Network oder die Global Biodiversity Information Facility unter Verwendung des ABCD-Datenstandards und seiner Erweiterungen.

Provider
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung - UFZ

Voraussetzungen
Webbrowser, Mobiles Endgerät (IOS, Android)

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link

BioMe Projektwebseite
Tagfalter-Monitoring Deutschland (Webapplikation basierend auf BioMe, auch als App für IOS/ Android) verfügbar)
FLOW-Webapplikation (basierend auf BioME)

Support
Helpdesk

BioMe ist ein Open-Source Projekt zur Bereitstellung eines universellen, modularen Anwendungsframeworks und einer Infrastruktur, die als „Toolkit“ für Biodiversitätsprojekte dient. Ziel ist es, die Bereitstellung einer flexiblen und skalierbaren Plattform zu ermöglichen, die spezifisch auf die Anforderungen von Biodiversitätsforschung und -monitoring ausgerichtet ist. Der Fokus liegt hier auf Datenintegration und -synthese: Es bietet Werkzeuge zur Erfassung, Integration und Zusammenführung von Biodiversitätsdaten. Die Kernkomponenten sind dabei eine WebApp und Mobile App, Datenbankinfrastruktur, Objektspeicher sowie eine IDP (Identity Provider)-Lösung.

Provider
Bundesamt für Naturschutz
Rote Liste Zentrum

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Verwenden & Archivieren

Link
https://checklisten.rotelistezentrum.de/api/public/swagger-ui

Support
Helpdesk

Die Checklist API bietet RESTful-Services, um taxonomische Informationen zu Taxa aus den Checklisten des Rote Listen Zentrums zu erhalten. Außerdem können Konzept- und Synonymiebeziehungen zwischen Taxa unterschiedlicher Listen abgerufen werden.

Provider
Alfred-Wegener-Institut - AWI
Helmholtz-Institut für Funktionelle Marine Biodiversität - HIFMB

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://critterbase.awi.de/

Support
Helpdesk

CRITTERBASE ist ein kontinuierlich wachsendes Datenlager, das es Meeresökolog:innen weltweit ermöglicht, mit sofort verfügbaren, hochwertigen und hochauflösenden Daten zu arbeiten. Es stellt Entscheidungsträger:innen und der interessierten Öffentlichkeit Informationen über marine Lebensgemeinschaften und Biodiversität zur Verfügung. Darüber hinaus wird es dazu beitragen, unser Datenerbe zu bewahren, damit es auch künftigen Generationen zur Verfügung steht.

Provider
Gesellschaft für wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH Göttingen (GWDG), Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns/SNSB-IT-Zentrum, Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
https://dwb.gfbio.org/

Support
Helpdesk

Die virtuellen Trainingsumgebungen der Diversity Workbench (DWB) an der GWDG bieten kostenlosen Remote-Zugriff auf DWB-Clients und SQL-Datenbank-Software. Der Zugang wird über eine NFDI-Authentifizierung mit DWB-Autorisierung der einzelnen Anwender organisiert. Die Instanzen enthalten Testdaten aus Forschungsprojekten und bieten Zugriff auf Terminologien und Taxonomien. Ein Datenaustausch mit externen Ressourcen ist möglich. Die Parent-Instanz an den SNSB und die Child-Instanzen an der GWDG werden regelmäßig technisch aktualisiert (SaaS).

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren

Link
https://submissions.gfbio.org

Support
Helpdesk

Der GFBio Data Submission Service ermöglicht die Einreichung von (heterogenen) biologischen, ökologischen und umweltbezogenen Datensätzen für die Archivierung in einem föderierten Netzwerk von Datenzentren. Die Datensätze werden von Fachexperten des jeweiligen GFBio-Datenzentrums geprüft und kuratiert. Die kuratierten Datensätze werden dann langfristig archiviert und mit einem persistenten Identifier veröffentlicht (z.B. DOI, Accession numbers). Heterogene Daten können in zwei oder mehr Datenzentren archiviert und veröffentlicht werden und sind dann über ihre persistenten Identifier miteinander verknüpft.

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
www.gfbio.org

Support
Helpdesk

Das GFBio-Portal ist die zentrale Anlaufstelle für Daten und assoziierte Dienste entlang des Datenlebenszyklus, die die Gesellschaft für Biologische Daten in Bremen bereit stellt. Forschende finden dort Zugang zu den Daten von zehn einschlägigen Datenzentren sowie erprobte Dienste und Beratung für Datenmanagementpläne, Datenanalysen, -publikationen und -archivierung. Das GFBio Wiki und verschiedene Selbstlernmaterialien aus den GFBio Roadshows vermitteln Wissen rund um das Thema biologische, ökologische und umweltbezogene Daten.

Provider
Deutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung (iDiv)
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Webbrowser; für Downloads wird ein GBIF-Account benötigt

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://land.gbif.de/

Support
Helpdesk

Der Lebendige Atlas der Natur Deutschlands (LAND) ist ein nationales Biodiversitätsportal, das Daten zum Vorkommen von Arten in Deutschland für Forschende, Naturschutzbehörden und die breite Öffentlichkeit bereitstellt. Das Portal wird von der Global Biodiversity Information Facility (GBIF) gehostet und integriert Vorkommensdaten aus verschiedenen offenen Quellen, darunter Monitoring-Programme, Citizen Science, Naturkundegesellschaften, Museen und Universitäten. Die Datensätze werden kontinuierlich in Kooperation mit der Community verbessert.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser, windowsbasierter Server (Mindestanforderungen: 2 CPUs, 4 GB RAM, 100 GB Speicherplatz)

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://demo.bexis2.uni-jena.de (Demonstrator)
https://train.bexis2.uni-jena.de (Trainingsumgebung)

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung für die Datenverwaltung mittlerer bis großer Forschungsprojekte mit mehreren Teilprojekten und bis zu Hunderten von Nutzenden/Forschenden. Historisch gesehen lag der Schwerpunkt in der Software-Entwicklung auf ökologischen Daten, das System unterstützt aber auch Daten aus anderen Bereichen (z.B. Biodiversitätsdaten, Umweltdaten uns sogar geisteswissenschaftliche Daten). Ein Datenobjekt (Datensatz) in BEXIS2 besteht aus zwei Teilen: (1) Metadaten und (2) Primärdaten. So können neben den Beobachtungsdaten auch Termine/Konferenzen, Publikationen oder beliebige andere Daten in BEXIS2 verwaltet werden. Darüber hinaus müssen Nutzende sich nicht an eine bestehende oder standardisierte Metadatenstruktur halten, sondern können eine eigene oder sogar mehrere hinzufügen.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://bexis2.uni-jena.de

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung zur Datenverwaltung für mittlere bis große Forschungsprojekte. Sie unterstützt ökologische, Biodiversitäts-, Umwelt- und geisteswissenschaftliche Daten. Neben verschiedenen Schulungsmaßnahmen kann BEXIS2 kostenlos auszuprobiert werden. Ein permanenter Demonstrator ermöglicht den Zugang ohne Registrierung und wird regelmäßig auf den neuesten Stand gebracht. Das System dient dem Lernen und Testen. Die dauerhafte Speicherung von Daten ist aufgrund regelmäßiger Zurücksetzung der (Test-)Daten nicht möglich.

Provider
BIBI/Uni Bielefeld

Requirements
LS Login, BIIGLE Account

Area of Application
Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
www.biigle.de

Support
Helpdesk

BIIGLE ist eine webbasierte Software für die Bild- und Videoannotation, die die kollaborative Forschung an großen Datenbeständen ermöglicht. Sie bietet Werkzeuge für die manuelle und computergestützte Annotation, Qualitätskontrolle und die Zusammenarbeit an benutzerdefinierten Taxonomien zur Beschreibung von Objekten. BIIGLE ist frei verfügbar und kann in Cloud-Umgebungen, einem lokalen Netzwerk oder auf mobilen Plattformen während Forschungsexpeditionen installiert werden. Die öffentliche Instanz auf biigle.de ist für die nicht-kommerzielle Nutzung frei.

Provider
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung - UFZ

Voraussetzungen
Webbrowser, Mobiles Endgerät (IOS, Android)

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link

BioMe Projektwebseite
Tagfalter-Monitoring Deutschland (Webapplikation basierend auf BioMe, auch als App für IOS/ Android) verfügbar)
FLOW-Webapplikation (basierend auf BioME)

Support
Helpdesk

BioMe ist ein Open-Source Projekt zur Bereitstellung eines universellen, modularen Anwendungsframeworks und einer Infrastruktur, die als „Toolkit“ für Biodiversitätsprojekte dient. Ziel ist es, die Bereitstellung einer flexiblen und skalierbaren Plattform zu ermöglichen, die spezifisch auf die Anforderungen von Biodiversitätsforschung und -monitoring ausgerichtet ist. Der Fokus liegt hier auf Datenintegration und -synthese: Es bietet Werkzeuge zur Erfassung, Integration und Zusammenführung von Biodiversitätsdaten. Die Kernkomponenten sind dabei eine WebApp und Mobile App, Datenbankinfrastruktur, Objektspeicher sowie eine IDP (Identity Provider)-Lösung.

Provider
Alfred-Wegener-Institut - AWI
Helmholtz-Institut für Funktionelle Marine Biodiversität - HIFMB

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://critterbase.awi.de/

Support
Helpdesk

CRITTERBASE ist ein kontinuierlich wachsendes Datenlager, das es Meeresökolog:innen weltweit ermöglicht, mit sofort verfügbaren, hochwertigen und hochauflösenden Daten zu arbeiten. Es stellt Entscheidungsträger:innen und der interessierten Öffentlichkeit Informationen über marine Lebensgemeinschaften und Biodiversität zur Verfügung. Darüber hinaus wird es dazu beitragen, unser Datenerbe zu bewahren, damit es auch künftigen Generationen zur Verfügung steht.

Provider
Gesellschaft für wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH Göttingen (GWDG), Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns/SNSB-IT-Zentrum, Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
https://dwb.gfbio.org/

Support
Helpdesk

Die virtuellen Trainingsumgebungen der Diversity Workbench (DWB) an der GWDG bieten kostenlosen Remote-Zugriff auf DWB-Clients und SQL-Datenbank-Software. Der Zugang wird über eine NFDI-Authentifizierung mit DWB-Autorisierung der einzelnen Anwender organisiert. Die Instanzen enthalten Testdaten aus Forschungsprojekten und bieten Zugriff auf Terminologien und Taxonomien. Ein Datenaustausch mit externen Ressourcen ist möglich. Die Parent-Instanz an den SNSB und die Child-Instanzen an der GWDG werden regelmäßig technisch aktualisiert (SaaS).

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
www.gfbio.org

Support
Helpdesk

Das GFBio-Portal ist die zentrale Anlaufstelle für Daten und assoziierte Dienste entlang des Datenlebenszyklus, die die Gesellschaft für Biologische Daten in Bremen bereit stellt. Forschende finden dort Zugang zu den Daten von zehn einschlägigen Datenzentren sowie erprobte Dienste und Beratung für Datenmanagementpläne, Datenanalysen, -publikationen und -archivierung. Das GFBio Wiki und verschiedene Selbstlernmaterialien aus den GFBio Roadshows vermitteln Wissen rund um das Thema biologische, ökologische und umweltbezogene Daten.

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Entdecken & Erkunden

Link
https://search.gfbio.org

Support
Helpdesk

GFBio Data Search ermöglicht die Suche nach Datensätzen, die in den GFBio-Datenzentren archiviert und veröffentlicht sind. Daten aus insgesamt sieben Sammlungsdatenzentren und drei domain-spezifischen Repositories können nach biologischen, ökologischen und umweltbezogenen Daten durchsucht werden. Daten, die über den GFBio Data Submission Service eingereicht, archiviert und veröffentlicht wurden, sind ebenfalls über die Data Search auffindbar.

Provider
Deutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung (iDiv)
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Webbrowser; für Downloads wird ein GBIF-Account benötigt

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://land.gbif.de/

Support
Helpdesk

Der Lebendige Atlas der Natur Deutschlands (LAND) ist ein nationales Biodiversitätsportal, das Daten zum Vorkommen von Arten in Deutschland für Forschende, Naturschutzbehörden und die breite Öffentlichkeit bereitstellt. Das Portal wird von der Global Biodiversity Information Facility (GBIF) gehostet und integriert Vorkommensdaten aus verschiedenen offenen Quellen, darunter Monitoring-Programme, Citizen Science, Naturkundegesellschaften, Museen und Universitäten. Die Datensätze werden kontinuierlich in Kooperation mit der Community verbessert.

Provider
Heidelberg Institute for Theoretical Studies gGmbH - HITS

Voraussetzungen
/

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Entdecken & Erkunden

Link
https://rightfield.org.uk

Support
Helpdesk

RightField ist ein Tool, das es ermöglicht, Tabellendaten direkt in Microsoft Excel mit standardisierten Ontologiebegriffen zu annotieren. Es erleichtert zudem das Hinzufügen strukturierter Metadaten, um die Dateninteroperabilität zu verbessern. Durch das Einbetten von Ontologiebegriffen in Tabellenzellen wird sichergestellt, dass Datensätze eine konsistente Terminologie in verschiedenen Forschungsbereichen einhalten. Die Integration von Open-Access-Ontologien gewährleistet zusätzlich Datenqualität und -einheitlichkeit.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser, windowsbasierter Server (Mindestanforderungen: 2 CPUs, 4 GB RAM, 100 GB Speicherplatz)

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://demo.bexis2.uni-jena.de (Demonstrator)
https://train.bexis2.uni-jena.de (Trainingsumgebung)

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung für die Datenverwaltung mittlerer bis großer Forschungsprojekte mit mehreren Teilprojekten und bis zu Hunderten von Nutzenden/Forschenden. Historisch gesehen lag der Schwerpunkt in der Software-Entwicklung auf ökologischen Daten, das System unterstützt aber auch Daten aus anderen Bereichen (z.B. Biodiversitätsdaten, Umweltdaten uns sogar geisteswissenschaftliche Daten). Ein Datenobjekt (Datensatz) in BEXIS2 besteht aus zwei Teilen: (1) Metadaten und (2) Primärdaten. So können neben den Beobachtungsdaten auch Termine/Konferenzen, Publikationen oder beliebige andere Daten in BEXIS2 verwaltet werden. Darüber hinaus müssen Nutzende sich nicht an eine bestehende oder standardisierte Metadatenstruktur halten, sondern können eine eigene oder sogar mehrere hinzufügen.

Provider
Friedrich-Schiller-Universität Jena

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Support & Training

Link
https://bexis2.uni-jena.de

Support
Helpdesk

BEXIS2 ist eine Open-Source-Webanwendung zur Datenverwaltung für mittlere bis große Forschungsprojekte. Sie unterstützt ökologische, Biodiversitäts-, Umwelt- und geisteswissenschaftliche Daten. Neben verschiedenen Schulungsmaßnahmen kann BEXIS2 kostenlos auszuprobiert werden. Ein permanenter Demonstrator ermöglicht den Zugang ohne Registrierung und wird regelmäßig auf den neuesten Stand gebracht. Das System dient dem Lernen und Testen. Die dauerhafte Speicherung von Daten ist aufgrund regelmäßiger Zurücksetzung der (Test-)Daten nicht möglich.

Provider
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung - UFZ

Voraussetzungen
Webbrowser, Mobiles Endgerät (IOS, Android)

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link

BioMe Projektwebseite
Tagfalter-Monitoring Deutschland (Webapplikation basierend auf BioMe, auch als App für IOS/ Android) verfügbar)
FLOW-Webapplikation (basierend auf BioME)

Support
Helpdesk

BioMe ist ein Open-Source Projekt zur Bereitstellung eines universellen, modularen Anwendungsframeworks und einer Infrastruktur, die als „Toolkit“ für Biodiversitätsprojekte dient. Ziel ist es, die Bereitstellung einer flexiblen und skalierbaren Plattform zu ermöglichen, die spezifisch auf die Anforderungen von Biodiversitätsforschung und -monitoring ausgerichtet ist. Der Fokus liegt hier auf Datenintegration und -synthese: Es bietet Werkzeuge zur Erfassung, Integration und Zusammenführung von Biodiversitätsdaten. Die Kernkomponenten sind dabei eine WebApp und Mobile App, Datenbankinfrastruktur, Objektspeicher sowie eine IDP (Identity Provider)-Lösung.

Provider
Alfred-Wegener-Institut - AWI
Helmholtz-Institut für Funktionelle Marine Biodiversität - HIFMB

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://critterbase.awi.de/

Support
Helpdesk

CRITTERBASE ist ein kontinuierlich wachsendes Datenlager, das es Meeresökolog:innen weltweit ermöglicht, mit sofort verfügbaren, hochwertigen und hochauflösenden Daten zu arbeiten. Es stellt Entscheidungsträger:innen und der interessierten Öffentlichkeit Informationen über marine Lebensgemeinschaften und Biodiversität zur Verfügung. Darüber hinaus wird es dazu beitragen, unser Datenerbe zu bewahren, damit es auch künftigen Generationen zur Verfügung steht.

Provider
Freie Universität Berlin, Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://transformation.gfbio.org

Support
Helpdesk

Der Data Transformation Service ist ein webbasierter Dienst zur Umwandlung biodiversitätsbezogener Daten zwischen verschiedenen Community-Formaten wie z. B. ABCD (Access to Biological Collections Data), CDM Light (Common Data Model) und PANGAEA PanSimple. Derzeit wird eine Transformation von ABCD in die Formate PANGAEA PanSimple, HTML Landing Page und DarwinCore Archiv unterstützt sowie von CDM Light in PANGAEA PanSimple.

Provider
Gesellschaft für wissenschaftliche Datenverarbeitung mbH Göttingen (GWDG), Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns/SNSB-IT-Zentrum, Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
https://dwb.gfbio.org/

Support
Helpdesk

Die virtuellen Trainingsumgebungen der Diversity Workbench (DWB) an der GWDG bieten kostenlosen Remote-Zugriff auf DWB-Clients und SQL-Datenbank-Software. Der Zugang wird über eine NFDI-Authentifizierung mit DWB-Autorisierung der einzelnen Anwender organisiert. Die Instanzen enthalten Testdaten aus Forschungsprojekten und bieten Zugriff auf Terminologien und Taxonomien. Ein Datenaustausch mit externen Ressourcen ist möglich. Die Parent-Instanz an den SNSB und die Child-Instanzen an der GWDG werden regelmäßig technisch aktualisiert (SaaS).

Provider
Gesellschaft für Biologische Daten e.V.

Voraussetzungen
Keine

Anwendungsbereich
Planen, Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren, Support & Training

Link
www.gfbio.org

Support
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Das GFBio-Portal ist die zentrale Anlaufstelle für Daten und assoziierte Dienste entlang des Datenlebenszyklus, die die Gesellschaft für Biologische Daten in Bremen bereit stellt. Forschende finden dort Zugang zu den Daten von zehn einschlägigen Datenzentren sowie erprobte Dienste und Beratung für Datenmanagementpläne, Datenanalysen, -publikationen und -archivierung. Das GFBio Wiki und verschiedene Selbstlernmaterialien aus den GFBio Roadshows vermitteln Wissen rund um das Thema biologische, ökologische und umweltbezogene Daten.

Provider
Deutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung (iDiv)
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin

Voraussetzungen
Webbrowser; für Downloads wird ein GBIF-Account benötigt

Anwendungsbereich
Harmonisieren, Verwenden & Archivieren, Entdecken & Erkunden, Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://land.gbif.de/

Support
Helpdesk

Der Lebendige Atlas der Natur Deutschlands (LAND) ist ein nationales Biodiversitätsportal, das Daten zum Vorkommen von Arten in Deutschland für Forschende, Naturschutzbehörden und die breite Öffentlichkeit bereitstellt. Das Portal wird von der Global Biodiversity Information Facility (GBIF) gehostet und integriert Vorkommensdaten aus verschiedenen offenen Quellen, darunter Monitoring-Programme, Citizen Science, Naturkundegesellschaften, Museen und Universitäten. Die Datensätze werden kontinuierlich in Kooperation mit der Community verbessert.

Provider
Philipps-Universität Marburg

Voraussetzungen
Webbrowser

Anwendungsbereich
Verarbeiten & Visualisieren

Link
https://vat.gfbio.org

Support
Helpdesk

Das VAT-System ist ein interaktives Web-Tool für die Visualisierung, Analyse und Transformation raum-zeitlicher Daten. Es bietet einfachen Zugriff auf einen kuratierten Katalog von Datensätzen. Nutzende können jedoch auch ihre eigenen Datensätze hochladen. Das VAT erlaubt es, mithilfe einer Vielzahl von verfügbaren Operatoren sowie Kombinationen Daten zu transformieren und zu analysieren. Um einen Eindruck davon zu erhalten, welche Möglichkeiten das VAT System bietet, steht die Dokumentation des Systems unter https://docs.vat.gfbio.org zu Verfügung.

Unser Helpdesk ist unsere Anlaufstelle für alle Fragen zum Forschungsdatenmanagement, zur Nutzung von Tools und Diensten sowie für Anfragen zu Schulungen und zur Zusammenarbeit mit NFDI4Biodiversity.

Das Helpdesk-Team leitet Ihre Anfrage an die jeweiligen Expert:innen des NFDI4Biodiversity- und GFBio-e.V.-Netzwerks weiter.

Die Knowledge Base bietet öffentlichen Zugang zu Informationen und Ressourcen über die NFDI4Biodiversity-Infrastrukturen und -Services, die involvierten Datenzentren sowie Beteiligungsmöglichkeiten innerhalb des Projekts (z. B. Funding Calls). Zu den Ressourcen gehören auch FAQs und How-to-Artikel rund um das Datenmanagement für biodiversitätsbezogene Daten und Services, die im NFDI4Biodiversity-Katalog angeboten werden. Die Artikel sind anhand der Themen sowie der NFDI4Biodiversity-Personas, also nach Zielgruppen, geordnet.

Unsere Partnerinstitutionen bieten (teils regelmäßig, teils auf Anfrage) Trainings zur Nutzung ihrer Tools und Services für die Arbeit mit Biodiversitäts-, Ökologie- und Umweltdaten an.

Nähere Infos finden Sie hier.