Was wir tun

In unserem Partner-Netzwerk arbeiten wir daran, vielfältige und qualitativ hochwertige Biodiversitätsdaten verfügbar zu machen– unabhängig davon, ob sie aus der Forschung stammen, von Behörden, Fachgesellschaften oder aus den Bürgerwissenschaften.

Arbeitsprogramm

Unser Arbeitsprogramm für die erste Förderphase bis 2025 umfasst fünf Aufgabenbereiche – sogenannte Task Areas, kurz: TAs. Die Aufgabenbereiche 1-4 sind fachlich-operativ ausgerichtet, sie umfassen beispielsweise Planungen für die Einbindung der Fachkreise und die internationale Vernetzung. Aufgabenbereich 5 umfasst die organisatorischen Anforderungen und stellt darüber hinaus sicher, dass das in NFDI4Biodiversity Erarbeitete über das Projektende hinaus verfügbar ist. Die folgende Darstellung bietet einen Überblick über die jeweiligen Zuständigkeiten und das Zusammenwirken untereinander. Eine detaillierte Beschreibung der Arbeitsbereiche bietet unser Projektantrag.

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Einbindung der Fachkreise (TA1, 2involve)

Wir sorgen im Auftrag von Datenerzeuger:innen dafür, dass ihre Daten gut auffindbar, zugänglich, nachnutzbar und miteinander verknüpfbar sind. Von uns kuratierte Daten sind dadurch sichtbarer. Das bereits gut etablierte Helpdesk, das vom GFBio-Verein und den angeschlossenen Datenzentren betrieben wird, kümmert sich um Dateneinreichungen von Forschenden und Forschungsverbünden. In unseren Anwendungsprojekten werden darüber hinaus weitere größere Datensammlungen an die gemeinsame Infrastruktur angeschlossen.

Nationale und internationale Vernetzung (TA2, 2connect)

Mit unseren Partnern pflegen wir Verbindungen mit der NFDI und wichtigen internationalen Initiativen, damit keine Insellösungen entstehen.

Nachhaltige Daten, Werkzeuge und Dienste (TA3, 2consolidate)

Wir sichten und bewerten Software-Lösungen, die die tägliche Arbeit mit Daten erleichtern. Zusammen mit den Anbietern arbeiten wir daran, solche Anwendungen einem breiteren Nutzerkreis zur Verfügung zu stellen.

Daten integrieren, erforschen und nutzen (TA4, 4all&4future)

Wir schaffen die technischen Voraussetzungen und die Infrastruktur dafür, dass die Community kollaborativ und über Institutionsgrenzen hinweg auf einer von uns gestellten Service-Plattform mit Daten arbeiten kann. Die Daten der angeschlossenen Datenzentren sind derzeit über das GFBio-Portal erreichbar. Ab 2022 bringen wir diese und weitere Dienste in die Cloud, um neue und schnellere Anwendungen anbieten zu können.

Zusammenarbeit (TA5, Coordination)

NFDI4Biodiversity ist ein Großprojekt. Unsere Koordination sorgt für ein gutes Zusammenspiel aller Akteure und Gremien im Projekt und mit den Fachkreisen. Zug um Zug wird ein Konzept entwickelt, um auch über das Projektende hinaus gemeinsam Dienste für Forschung und Praxis zur Verfügung stellen zu können.

Use Case Projekte

Mit der Community für die Community: Unsere Use Cases – konkrete Anwendungsfälle, die exemplarisch für Beiträge und Bedürfnisse in der Biodiversitäts-Community stehen – helfen uns dabei, eine nachhaltige, nutzerorientierte Dateninfrastruktur zu entwickeln. Über 20 solcher Anwendungsprojekte sollen in der ersten Förderphase bis 2025 umgesetzt werden.

Diversität von Kulturpflanzen

Genbank verbessert Saatgut: Informationen zu den Eigenschaften vieler Tausend Varianten von Gerste, Weizen und Bohnen werden mit Umweltdaten kombiniert zu einem umfassenden Fundus für landwirtschaftliche Fragen.

Atlas der Fischarten

Barrieren abbauen: Ein umfangreicher Bestand zu Fischarten in Deutschland und Österreich wird mit neuen Software-Werkzeugen kombiniert attraktiver darstellbar und nutzbar.

Fortbestehen sichern – Strukturen schaffen

Die Nachhaltigkeit unserer Projektergebnisse ist uns wichtig. Um dauerhafte Verantwortung zu organisieren, engagieren sich Projektpartner in Vereinen.

Gesellschaft für biologische Daten

Der GFBio-Verein widmet sich dem Aufbau und Betrieb von Partnerschaften für das Datenmanagement in den biologischen Wissenschaften und ist koordinierender Partner von NFDI4Biodiversity.

Nationale Forschungsdateninfrastruktur

Im NFDI-Verein wird bundesweit zusammengearbeitet, um über die fachlichen Domänen hinweg eine gemeinschaftliche Nutzung von Daten und Software zu organisieren.

Publikationen

Wir publizieren regelmäßig Informationen zu unserer Arbeit und stellen Ergebnisse vor.

Titel
  • Jahr: 2021
    Typ: Artikel

    Knowledge derived from nucleotide sequence data is increasing in importance in the life sciences, as well as decision making (mainly in biodiversity policy). Metadata standards have been established to facilitate sustainable sequence data management according to the FAIR principles (Findability, Accessibility, Interoperability, Reusability). Here, we review the status of metadata available for raw read Illumina amplicon and whole genome shotgun sequencing data derived from ecological metagenomic material that are accessible at the European Nucleotide Archive (ENA), as well as the compliance of the primary sequence data (fastq files) with data submission requirements. While overall basic metadata, such as geographic coordinates, were retrievable in 98% of the cases for this type of sequence data, interoperability was not always ensured and other (mainly conditionally) mandatory parameters were often not provided at all. Metadata standards, such as the ‘Minimum Information about any(x) Sequence (MIxS)’, were only infrequently used despite a demonstrated positive impact on metadata quality. Furthermore, the sequence data itself did not meet the prescribed requirements in 31 out of 39 studies that were manually inspected. To tackle the most immediate needs to improve FAIR sequence data management, we provide a list of minimal suggestions to researchers, research institutions, funding agencies, reviewers, publishers, and databases, that we believe might have a potentially large positive impact on sequence data and metadata FAIRness, which is crucial for further research and its derived applications.

    Hassenrück, Christiane; Poprick, Tobias; Helfer, Véronique; Molari, Massimiliano; Meyer, Raissa; Kostadinov, Ivaylo (2021): FAIR enough? A perspective on the status of nucleotide sequence data and metadata on public archives. 24 p; BioRxiv 2021.09.23.461561; doi: https://doi.org/10.1101/2021.09.23.461561

  • Jahr: 2021
    Typ: Artikel

    NFDI4BioDiversity ist ein Konsortium innerhalb der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) mit einem Schwerpunkt auf Services für die Biodiversitätsforschung und Ökologie. Unzählige Studien belegen den Rückgang der Biodiversität auf unserem Planeten. Drängende Fragen in diesem Zusammenhang sind unter anderem welche Auswirkungen der Rückgang der Biodiversität auf die betroffenen Ökosysteme hat und welche (anthropogenen) Einflüsse die Biodiversität reduzieren oder fördern. Um die komplexen Zusammenhänge zu verstehen und daraus Handlungsempfehlungen abzuleiten, werden vielfältige, qualitätsgesicherte und FAIRe[1] Daten benötigt. Diese umfassen das Vorkommen von Pflanzen, Tieren und Mikroorganismen, einschließlich ihrer genotypischen, phänotypischen und funktionalen Vielfalt, sowie deren Zusammenspiel in Populationen und Ökosystemen. In NFDI4BioDiversity haben sich 49 Partner aus Wissenschaft, Behörden und Bürgerwissenschaften zusammengeschlossen, um die Mobilisierung und Publikation vorhandener Daten voranzutreiben, effiziente Workflows zu entwickeln und Tools und Services zur Unterstützung von Analysen bereitzustellen.

    Weber, Judith; Ebert, Barbara; Diepenbroek, Michael; Kostadinov, Ivaylo und Glöckner, Frank Oliver (2021): NFDI4BioDiversity – NFDI-Konsortium für Biodiversitäts-, Ökologische Und Umweltdaten. Bausteine Forschungsdatenmanagement, Nr. 2 (Juli). German: 98-109. DOI: 10.17192/BFDM.2021.2.8334

  • Jahr: 2021
    Typ: Bericht

    This report outlines the results of a strategy workshop on cross-cutting topics of the National Research Data Infrastructure (NFDI). The workshop took place on 26 August 2020. The participants were the nine consortia from the first of three funding rounds for NFDI and the NFDI Directorate.

    The report captures 16 cross-cutting topics upon the workshop participants agreed to be most relevant. In particular, the report shows for each cross-cutting topic: consortia’s intended participation as well as willingness to take a coordination role, expected additional financial requirements, and to which degree further specification is needed.

    The results confirm the importance of the cross-cutting topics for NFDI. They can be seen as a preliminary basis for the further addressing of cross-cutting topics in NFDI’s planned inter-consortial sections and working groups, that will also include the consortia of funding rounds two and three.

    Ebert, Barbara; Fluck, Juliane; Glöckner, Frank Oliver; Koepler, Oliver, Miller, Bernhard, Schmitt, Robert, Schrade, Torsten, Stegle, Oliver, Steinbeck, Christoph, von Suchodoletz, Dirk, Wagemann, Kurt, Knebes, Jennifer, Kraft, Sophie, Seitz-Moskaliuk, Hendrik, Sure-Vetter, York, & Wössner, Elena. (2021). NFDI Cross-cutting Topics Workshop Report. Zenodo, 14 p.. DOI: 10.5281/zenodo.4593770

  • Jahr: 2020
    Typ: Projektantrag

    Biodiversity is more than just the diversity of living species. It includes genetic and phenotypic diversity of organisms, functional diversity, interactions and the diversity of populations and whole ecosystems. The recent Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services (IPBES) report confirmed that our planet experiences a rapid loss of biodiversity with dramatic consequences for mankind. Answers to scientifically and societal relevant questions can only be found based on the availability of data integrated from multiple sources and building on different knowledge domains in science and society. The FAIR data principles provide a framework towards such integration. To foster access to interoperable data, NFDI4BioDiversity focuses on the following six objectives: 1) Promoting research data management as an integral part of biodiversity research, 2) Enabling FAIRness of data, 3) Consolidating FAIRness with quality, 4) Embedding NFDI4BioDiversity into the (inter-)national landscape, 5) Addressing NFDI-wide cross-cutting topics and 6) Promoting collaborative governance, viability and sustainability of data infrastructure services and science. These objectives are implemented by the NFDI4BioDiversity work programme and its five task areas

    Glöckner, Frank Oliver, Diepenbroek, Michael, Felden, Janine, Güntsch, Anton, Stoye, Jens, Overmann, Jörg, Wimmers, Klaus, Kostadinov, Ivaylo, Yahyapour, Ramin, Müller, Wolfgang, Scholz, Uwe, Triebel, Dagmar, Frenzel, Mark, Gemeinholzer, Birgit, Goesmann, Alexander, König-Ries, Birgitta, Bonn, Aletta, & Seeger, Bernhard. (2020). NFDI4BioDiversity – A Consortium for the National Research Data Infrastructure (NFDI). Zenodo, 128 p. DOI: 10.5281/zenodo.3943645