Around one million ArtenFinder data transmitted to GBIF: Software installation enables automated data flow to leading biodiversity data resource

Etwa 80.000 Beobachtungen heimischer Tiere, Pflanzen und Pilze werden allein innerhalb eines Jahres von Naturliebhaber:innen an den ArtenFinder gemeldet, eine von der Stiftung Natur und Umwelt Rheinland-Pfalz (SNU) betriebene Datenbank für die Registrierung von Artvorkommen. Ziel der Initiative ist es, den jeweiligen Landesbehörden und Naturschutzinitiativen wertvolle Informationen bereitzustellen, für die Vielfalt und Schönheit der Natur zu sensibilisieren und Artenkenner:innen aller Altersklassen und Hintergründe zu vernetzen. Daten können bundesweit über den ArtenFinder gemeldet werden. Aktuell sind Rheinland-Pfalz und Berlin (verantwortlich hier die Stiftung Naturschutz Berlin, SNB) die Bundesländer, die die Daten in ihre jeweilige Landesdatenbank einspeisen. Allein in Rheinland-Pfalz konnten so seit Inbetriebnahme der Datenbank im Jahr 2011 rund eine Million Datensätze zusammengetragen und über das Artenfinder-Portal veröffentlicht werden.

Um dem stetig wachsenden Datenschatz von ArtenFinder zu noch größerer Sichtbarkeit zu verhelfen – gerade auch in der Wissenschaftscommunity, hat die SNU nun Unterstützung von NFDI4Biodiversity erhalten: Durch die Installation eines erprobten Softwareprogramms können die Daten jetzt auch automatisiert und offen in der Global Biodiversity Information Facility (GBIF) publiziert werden. Damit werden sie der weltweiten Wissenschaftscommunity zugänglich: Forschende und andere Dateninteressierte finden dort Hunderte Millionen von Daten aus Museen, Feldforschung und Bürgerwissenschaften, die bereits für etliche wissenschaftliche Studien zu relevanten Themen wie Klimawandel, invasiven Arten oder Naturschutz herangezogen wurden.

“We are delighted that the data is now available to scientists all over the world.”

Jochen Krebühl (Managing Director of the Rhineland-Palatinate Nature and Environment Foundation)

Darüber hinaus sind die ArtenFinder-Daten in dem auf GBIF aufbauenden, in NFDI4Biodiversity entwickelten Lebendigen Atlas der Natur Deutschlands (LAND) zu finden – einem Biodiversitätsdatenportal, über das Arten in der eigenen Umgebung entdeckt werden können.

“We are delighted that the funding from NFDI4Biodiversity has made it possible to automatically forward the ArtenFinder data to GBIF and that this data is now available to scientists all over the world,” says Jochen Krebühl, Managing Director of the SNU.

Software installation with great effect

Möglich wurde die Anbindung an GBIF durch die Installation der BioCASe Provider Software (Biological Collections Access Service). Sie ermöglicht es datenhaltenden Einrichtungen, Vorkommensdaten als Webservice und XML-Archiv zu veröffentlichen, damit sie anschließend von GBIF gelesen und im Datenportal verfügbar gemacht werden können. Dies ist möglich, ohne dabei in die bestehende Datenbankstruktur einzugreifen. Obwohl die Software für jedes konzeptionelle XML-Datenschema verwendet werden kann, kommt sie hauptsächlich bei der Veröffentlichung von Vorkommensdaten aus Beleg- oder Beobachtungsdatenbanken für primäre Biodiversitätsdatennetzwerke unter Verwendung des ABCD-Datenstandards und seiner Erweiterungen zum Einsatz – neben GBIF etwa für das Global Genome Biodiversity Network (GGBN).

Furthermore, the implementation of the automated data flow included necessary transformations at database level (through views) as well as the creation and filling of a metadata table on the ArtenFinder database side. In order to ensure regular updating of the data, a weekly update of the XML archives generated by BioCASe was also set up using corresponding cron jobs. The data is published under a CC-BY license in order to make clear the desire for attribution of the ArtenFinder portal when using the dataset.

NFDI4Biodiversity provided funding

The installation was financed by project funds from the large-scale NFDI4Biodiversity project funded by the German Research Foundation (DFG) as part of the National Research Data Infrastructure (NFDI). Two partners of the network helped with the implementation: the Federation for Biological Data e.V. (GFBio e.V.) as a contractual partner for the foundation and its technical service provider, and the Center for Biodiversity Informatics and Collection Data Integration (ZBS) at the Botanic Garden Berlin (Bo), which provided technical support for the installation of the provider software.

“We are delighted that, as a network of experts, we have been able to contribute to making highly relevant data accessible to many new users,” says Barbara Ebert, Managing Director of GFBio e.V. and Deputy Spokesperson of the NFDI4Biodiversity project. “In addition to the broad lines that we have been pursuing for years, it is these comparatively small but very effective solutions that show the added value that NFDI4Biodiversity can offer the community.”

Contact

If you have any questions about the ArtenFinder project, please contact project manager Susanne Müller (Susanne.Mueller@snu.rlp.de).